Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Η Διατροφή στην Υγεία και στη Νόσο». Το Π.Μ.Σ. «Η διατροφή στην Υγεία και στη Νόσο» διαρθρώνεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Υπερηχογραφική Λειτουργική Απεικόνιση για την πρόληψη και διάγνωση των αγγειακών παθήσεων» και στην αγγλική: M.Sc.
Το Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Τοξικολογία». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) ορίζεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Ανάλυση και σχεδιασμός κατασκευών ενεργειακών υποδομών".
Το Τμήμα Βιοχημείας & Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και το Ινστιτούτο Βιολογίας, Φαρμακευτικής Χημείας και Βιοτεχνολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Βιοεπιχειρείν».
Τα Τμήματα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης και Πολιτικών Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Διαχείριση Έργων, Συγκοινωνιακός και Χωρικός Σχεδιασμός». Το Δ.Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Αστικές Αναπλάσεις, Αστική Ανάπτυξη και Αγορά Ακινήτων».
Τα Τμήματα Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών, Χημικών Μηχανικών, Πολιτικών Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών, Αγρονόμων Τοπογράφων Μηχανικών και Μηχανικών Μεταλλείων Μεταλλουργών του Εθνικού Μετσόβειου Πολυτεχνείου, το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, και το Τμήμα Διεθνών.
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Εφαρμοσμένη Πληροφορική" (Applied Informatics). Στο Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική και το Τμήμα Πληροφορικής της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Πληροφορική και Υπολογιστική Βιοϊατρική». Το Δ.Π.Μ.Σ.