Το Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μετα - Βιομηχανικός Σχεδιασμός, Σχεδιαστικές και Καλλιτεχνικές Πρακτικές για την Παραγωγή της Καθημερινής Ζωής".
Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης (Τ.Μ.Χ.Π.Π.Α.) της Πολυτεχνικής Σχολής και το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών (Τ.Ο.Ε.) της Σχολής Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών.
Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης της Πολυτεχνικής Σχολής, το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών της Σχολής Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών και το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργεί το Διατμηματικό.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Ειδικής Αγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Ειδική Αγωγή" στις εξής κατευθύνσεις: 1. Ειδική Αγωγή και Ενταξιακή Πράξη 2.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, οργανώνει και λειτουργεί το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Άσκηση, Εργοσπιρομετρία και Αποκατάσταση». Το Δ.Π.Μ.Σ.
Το τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού (Τ.Ε.Φ.Α.Α.) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) "Εφαρμοσμένη Κινησιολογία στις Ένοπλες Δυνάμεις". Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην "Βιολογία της Αναπαραγωγής".
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Μεθοδολογία Βιοϊατρικής Έρευνας, Βιοστατιστική και Κλινική Βιοπληροφορική». Η ελάχιστη χρονική διάρκεια για την ολοκλήρωση του προγράμματος είναι ένα έτος.
Το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μετατπυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Αειφόρος Αγροτική Παραγωγή και Διαχείριση Περιβάλλοντος" στις ακόλουθες κατευθύνσεις: 1.
Το Τμήμα Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Αθλητισμού και Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου University of Jyvaskyla της Φιλανδίας οργανώνει και λειτουργεί κοινό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).