Τα Τμήματα Ιατρικής, Επιστήμης Υπολογιστών, Φυσικής, Ψυχολογίας, Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και τα Ινστιτούτα Υπολογιστικών Μαθηματικών και Πληροφορικής του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε).
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) με τίτλο "Νευροεπιστήμες".
Το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Επιστήμη και Μηχανική Υπολογιστών». Η ελάχιστη χρονική διάρκεια για την απονομή του ΔΜΣ ορίζεται σε τέσσερα (4).
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις "Επιστήμες της Αγωγής" στις κατευθύνσεις: Εξειδίκευση Α΄: Η παιδαγωγική ως επιστήμη και πράξη σε σύγχρονα περιβάλλοντα μάθησης Εξειδίκευση Β΄: Γραμματισμός.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Θεωρία και Πράξη στην Προσχολική Εκπαίδευση".
Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στην Οθωμανική Ιστορία. Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Δ.Μ.Σ.
Το Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Φυσική.
Το Τμήμα Φυσικής, σε συνεργασία με το Τμήμα Χημείας και το Εργαστήριο Ιατρικής Φυσικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις "Σύγχρονες Ηλεκτρονικές Τεχνολογίες".
Το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, σε σύμπραξη με το Τμήμα Οχημάτων του ΑΤΕΙ Θεσσαλονίκης, υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: "Περιβάλλον–Νέες Τεχνολογίες". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Ιατρικής και το Τμήμα Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών της Σχολής Επιστημών Υγείας, το Τμήμα Χημείας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και το Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας (Ι.Μ.Β.Β.) του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε.).