Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών, σε συνεργασία με το Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Πατρών και το Τμήμα Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου υλοποιούν διατμηματικό–διαπανεπιστημιακό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ).
Το Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Ευρωπαϊκές Κοινωνίες και Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση». Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε δύο (2) διδακτικά εξάμηνα και ένα (1).
Το Τμήμα Επιστημών Προσχολικής Αγωγής και Εκπαίδευσης του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, σε συνεργασία με το Τμήμα Φιλοσοφίας και Παιδαγωγικής του Α.Π.Θ.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου στα πλαίσια του Ευρωπαϊκού Προγράμματος “Erasmus Mundus” οργανώνει Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις "Περιβαλλοντικές επιστήμες, την Πολιτική και τη Διαχείριση" (Masters Course in Environmental Sciences, Policy and Management, MESPOM).
Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Περιβαλλοντική Πολιτική και Διαχείριση Βιοποικιλότητας». Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, σε συνεργασία με το Μαθηματικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην "Εφαρμοσμένη Οικονομική και Χρηματοοικονομική", στις κατευθύνσεις: 1.
To Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Φύλο και Νέα Εκπαιδευτικά και Εργασιακά Περιβάλλοντα στην Κοινωνία της Πληροφορίας".
Το Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αιγαίου υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: "Μοντέλα Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Εκπαιδευτικών Μονάδων".
Το Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου, υλοποιεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο: "Περιβαλλοντική Εκπαίδευση".
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστήμιου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Επιστήμες της Αγωγής–Εκπαίδευση με Χρήση Νέων Τεχνολογιών".