Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Διοίκηση Επιχειρήσεων - MBA (Master in Business Administration)» στις ακόλουθες κατευθύνσεις: Χρηματοοικονομική Διοίκηση και Λογιστική.
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Ενεργειακές Τεχνολογίες και Συστήματα Αυτοματισμών (Energy and Automation Systems)». Το Π.Μ.Σ είναι πλήρους φοίτησης.
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μηχανικών Η/Υ, Συστημάτων και Μετρήσεων".
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μηχανική Λογισμικού για Διαδικτυακές και Φορητές Εφαρμογές» (M.Sc. . Master of Science in Software Engineering for Internet and Mobile Applications).
Το Τμήμα Σχεδιασμού και Τεχνολογίας Ξύλου και Επίπλου Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα την Καρδίτσα οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Προηγμένες Μέθοδοι Σχεδιασμού.
Το Τμήμα Νοσηλευτικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Ψυχική Υγεία". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Διοίκηση Έργων και Προγραμμάτων» (Μaster in Project and Programme Management).
Το Τμήμα Τεχνολογίας Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του ΤΕΙ Λάρισας σε σύμπραξη με το Staffordshire University της M. Βρετανίας υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην "Επιστήμη των Δικτύων Υπολογιστών" (Master of Science in Network Computing). Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Γεωπονίας Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Αειφορική Διαχείριση Υδατικού Περιβάλλοντος». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Νοσηλευτικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας υλοποιεί το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Πρωτοβάθμια Φροντίδα Υγείας». Το Δ.Π.Μ.Σ.